Każdy serwer (tzw. tryb) konfigurujesz osobno. To są niezależnie działające serwery, w osobnych katalogach. Flamecord, BungeeCord, cokolwiek użyjesz, pełniące rolę proxy powoduje tylko to, że możesz przełączać się między tymi osobnymi serwerami nie wychodząc z gry do listy serwerów. I tak należy to rozumieć, aby móc to poprawnie skonfigurować.
Co do firewalla, mamy cały poradnik na forum o zabezpieczaniu. Zachęcam do użycia wyszukiwarki. Jako plugin do logowania możesz użyć AuthMe, a na bungee dać AuthMeBungee (zadziała też na innych waterfallach itp.). Użycie dodatkowej weryfikacji na tej warstwie spowoduje to, że gracz nie będzie mógł ominąć logowania na lobby przełączając się na inny serwer.