Cześć. Generalnie rzecz biorąc, możesz zrobić to łatwiej. Jeden panel działający na osobnej, neutralnej dla obu projektów domenie, podłączyć do niego dwa vps-y i potworzyć konta. To by było najprostsze.
Aczkolwiek jeśli faktycznie chcesz mieć dwa panele, to dobrym rozwiązaniem twojego problemu będzie uruchomienie głównego serwera www (do tego zadania polecam nginx), działającego na porcie 80 i 443 (dla obsługi https) i skonfigurowanie go jako reverse proxy. Będzie ono kierowało ruch na pierwszy lub drugi panel, w zależności od żądanej domeny. Musisz już wtedy tylko ustawić serwerom www obu paneli albo osobne porty, albo te same, ale korzystając z wewnętrznych adresów IP dla każdej VM.